במקביל למשטרה: מבקר המדינה חוקר את קרן עובדי התעשייה האווירית
במשרד מבקר המדינה הכריזו רק בשנה שעברה על הקרן, המשמשת כזרוע הכלכלית של ועד עובדי החברה, כגוף מבוקר. לדברי גורם במשרד החקירה נעשית בתיאום עם המשטרה: "שני הגופים יודעים אחד על השני ולא דורכים אחד על השני"
האגף לתפקידים מיוחדים במשרד מבקר המדינה נמצא בסיומה של ביקורת בקרן עובדי התעשייה האווירית – הזרוע הכלכלית של ועד עובדי תע"ש. כך מסר הבוקר משרד המבקר בעקבות המעצרים בתעשיה האווירית . חקירת המבקר נעשית בתיאום עם המשטרה. מקור במשרד המבקר מסר כי: "החקירה החלה אצלנו. שני הגופים יודעים אחד על השני ולא דורכים אחד על השני. הדו"ח לא יכלול את הפרשיות שחוקרת המשטרה".
מבקר המדינה החליט באמצע 2016 להכריז על קרן עובדי התעשייה האווירית כגוף מבוקר. ביצוע הביקורת הוטל על האגף לתפקידים מיוחדים במשרד מבקר המדינה, שעיקר עיסוקו חשיפת מעשי שחיתות ציבורית ומאבק למען טוהר המידות.
פס ייצור בתעשייה האווירית צילום: תעשייה אווירית
קרן עובדי התעשייה האווירית מוגדרת כאגודה עותומאנית ולכן לא חלים עליה כללים מחייבים כמו על עמותה. מכאן שבמידה רבה היא בחזקת נעלם. הקרן מקבלת מדי שנה בשנה כ-14 מיליון שקל מהתעשייה האווירית. לפי פרסומים שונים צברה הקרן יותר מ-100 מיליון שקל.
בראש ועד עובדי התעשייה האווירית עומד אהוד נוף, שהחליף לפני כשנה את שר העובדה והרווחה חיים כץ שכיהן בתפקיד שנים ארוכות. משרד המבקר הבהיר לוועד עובדי התעשיה האוירית שאין כל כוונה לבדוק את פעילותו כארגון עובדים יציג, אלא רק את התנהלות הכספית. בספטמבר האשים המבקר יוסף שפירא את הוועד כי הוא מתחמק משיתוף פעולה בתרוצים שונים והודיע כי הוא שוקל להשתמש בסמכויותיו לפי חוק ועדות חקירה ולזמן את אנשי הוועד לחקירה באמצעות המשטרה.
בתגובה להודעת המבקר הגישו ועד עובדי תע''א וההסתדרות עתירה לבג''ץ נגד מבקר המדינה, שבה טענו כי הקרן אינה כפופה לביקורתו. בראשית ספטמבר החליטו הוועד וההסתדרות למשוך את העתירה, מבלי לנמק.
