בניגוד להמלצות הדרג המקצועי: ליברמן מקצה כספים להגנת היישובים לפי ראות עיניו
שר הביטחון ביטל את הנחייתו של בוגי יעלון ולקח לידיו את עיקר התקציבים למימון ההגנות על היישובים. המבקר מצא כי הדבר גורם לכך שהמשאבים המוגבלים ממילא אינם מופנים ליישובים שנזקקים להם ביותר
זה שנים יישובים רבים בקווי עימות אינם מקבלים את ההגנה לה הם זכאים לפי סיווגם, כך עולה מדו"ח מבקר המדינה המתפרסם היום (ג'). הדו"ח בחן את ההגנה על אותם 407 יישובים, המאכלסים 900 אלף תושבים.
מדו"ח המבקר עולה כי ישנם שני הגופים האחראים על הגנת היישובים - פיקוד העורף, שפועל לפי סדרי העדיפויות המבצעיים של אגף המבצעים בצה"ל, והיחידה להתיישבות של משרד הביטחון, שסדרי העדיפויות שלה נקבעים על ידי שר הביטחון. מבקר המדינה מצא כי בנובמבר 2016 ביטל שר הביטחון אביגדור ליברמן את ההנחיה של שר הביטחון לשעבר בוגי יעלון, כי כל תקציב היחידה להתיישבות יעבור לאחריות פיקוד העורף, וכי פיקוד העורף יהיה הגורם המתכלל היחידי בנושא קביעת סדרי העדיפויות והקצאת המשאבים. כך למעשה לוקח ליברמן לידיו את עיקר התקציבים למימון ההגנות על היישובים. לפי נתוני משרד הביטחון, התקציב לשיקום והתעצמות במרכיבי ביטחון בסיסיים עמד בשנה שעברה על כ-25 מיליון שקל עבור היחידה להתיישבות ו-17 מיליון עבור פיקוד העורף.
מבקר המדינה העיר למשרד הביטחון כי קיים הבדל בין סדר העדיפויות שקבע שר הביטחון ליחידה להתיישבות, להשקעה במרכיבי ביטחון לבין סדר העדיפויות המבצעי שקבע אגף המבצעים למטרה זו. הקצאת מרכיבי הביטחון, כפי שבאה לידי ביטוי בתוכנית העבודה של היחידה להתיישבות לשנת 2017, אינה תואמת את סדר העדיפויות המבצעי שקבע צה"ל - ומביאה לכך שהמשאבים המוגבלים ממילא אינם מופנים ליישובים שנזקקים להם ביותר.
מהדו"ח עולה כי בעוד שבנובמבר 2016 קבע שר הביטחון כי בראש סדר העדיפויות יעמדו יישובי עוטף עזה ושדרות וכן יישובי קו העימות בצפון הארץ ובגולן, בדצמבר 2016 הגדיר אגף המבצעים של צה"ל לפיקוד העורף כי בראש סדר העדיפויות יעמדו יישובי יהודה ושומרון ורק אחריהם ישובי עוטף עזה (כאשר יישובי הצפון נמצאים כמעט אחרונים, אחרי יישובי פתחת ניצנה ויישובי קו התפר).
עוד עולה מהדו"ח כי היקף המשאבים שמושקע בשיקום מרכיבי הביטחון ובתחזוקה שלהם, כמו למשל תיקון גדרות שנהרסו, קטן מהנדרש לפי הצרכים המבצעיים, כאשר התוכניות השונות שגובשו לפתרון הבעיה כלל לא מומשו.
בנוסף, היקף המשאבים שמושקע בשיקום מרכיבי ביטחון ובתחזוקתם קטן מהנדרש על פי הצורך. בעקבות פרסום דו"ח מבקר המדינה בשנת 2012 בנושא "סוגיות בתחום הפשיעה והביטחון השוטף במגזר הכפרי" קבע פיקוד העורף באוקטובר 2013 תוכנית לסיווג מחודש של היישובים ולהקצאת מרכיבי ביטחון ליישובים המסווגים שאושרה על ידי הרמטכ"ל לשעבר ועל ידי שר הביטחון לשעבר (בני גנץ ובוגי יעלון). בפועל, תוכנית זו לא מומשה במלואה ולא הוקצו לה המשאבים הנדרשים. הפער שנוצר מאי מימוש התוכנית, אליו הצטרף הצורך בהצטיידות במרכיבי ביטחון חדשים בשל איום המנהרות שהמודעות אליו גברה אחרי מבצע "צוק איתן" ובעקבות גל הטרור באיו"ש שהחל ב-2015, הביא לכך שלפי הערכות פיקוד העורף הפער בתקציב להשלמת מרכיבי הביטחון בכלל היישובים עומד על כ-473 מיליון שקל .
המבקר ביקר גם את העובדה כי היחידה להתיישבות של משרד הביטחון רוכשת מרכיבי ביטחון ללא התחשבות בעלויות "מחזור החיים" ובעיקר של עלויות התחזוקה. מה שמשפיע בטווח הארוך על תקציב פיקוד העורף, הנושא בעלויות התחזוקה של אותם מרכיבים, ומקטין את התקציב המוקד להקמת מרכיבי ביטחון נוספים, ובכל מקרה סותר את הוראות משרד הביטחון.
ממשרד הביטחון נמסר כי "שר הביטחון ומשרד הביטחון רואים בחיזוק ההתיישבות באזורי קו העימות - מרכיב מרכזי בחוסנה הלאומי של מדינת ישראל. משרד הביטחון וצה"ל משקיעים משאבים רבים בכל שנה בחיזוק מרכיבי הביטחון בישובים, כאשר השיקול המרכזי הוא הצורך המבצעי והביטחוני המוגדר על ידי צה"ל, באמצעות הפיקודים המרחביים ופיקוד העורף.
"תוכניות העבודה לשנים 2017 ו-2018 של היחידה להתיישבות ושל פיקוד העורף גובשו בתיאום מוחלט ובשקיפות מלאה בין הגופים. זאת על מנת לוודא שאין כפילויות ושסדרי העדיפויות נשמרים כפי שנקבעו והוגדרו על ידי שר הביטחון והגופים האמונים על כך. בשנתיים האחרונות חל שיפור משמעותי ביותר בכל הנוגע לתכנון, תיאום, ביצוע ובקרה של הפרויקטים השונים בתכניות העבודה. בכלל זה גובשה תוכנית למרכיבי הביטחון באיו"ש, אשר הוצגה ואושרה על ידי סגן הרמטכ"ל, מנכ"ל משרד הביטחון והיא הוצגה למל"ל".