הטיפול בתחום השירות האזרחי-לאומי עובר מיד ליד
מבקר המדינה מצא כי הליקויים שהתגלו במערך השירות האזרחי-לאומי ב-2010 לא תוקנו ובמקרים מסוימים אפילו הוחמרו. המינהלת האחראית לא גיבשה סדר עדיפויות להקצאת המתנדבים לתחומי הפעילות השונים
מבקר המדינה יוסף שפירא מצא כי רוב הלקויים שהתגלו במערך השירות האזרחי-לאומי ודווחו בדו"ח מ-2010 לא תוקנו. בין השאר נמצא בביקורת הנוכחית כי רשות השירות הלאומי-אזרחי ממשיכה לעבור ממשרד ממשלה אחד לשני, הרשות אינה מעורבת בוויסות ובהקצאת התקנים תוך ראייה כוללת של כלל הצרכים ואין בקרה מספיקה שלה על הפעלת המתנדבים.
הממשלה החליטה באוגוסט 2007 להקים מינהלה לשירות אזרחי-לאומי, שתוביל את הטיפול בצעירים וצעירות מתנדבים שאינם מחויבים בשירות בצה"ל מסיבות שונות, לפעילות אזרחית שיש בה תועלת לחברה. מינהלת השירות הוקמה בפועל בתחילת 2008 כגוף בתוך משרד ראש הממשלה. אך כבר בתחילת 2009 הועברה האחריות למשרד למדע וטכנולוגיה ובדצמבר 2013 שוב נדדה המינהלת למשרד לאזרחים ותיקים. במרץ 2014 הפכה מינהלת השירות לרשות השירות הלאומי-אזרחי.
השירות הלאומי-אזרחי מתקיים באמצעות שבע עמותות רשומות שעיסוקן הפניית המתנדבים לארגונים ולמוסדות השונים. על פי נתוני רשות השירות, מספר המתנדבים ב-2013 עמד על כ-15 אלף.
בניגוד למטרות שעמדו בבסיס הקמתה, מצא המבקר כי חלוקת המתנדבים לשירות הלאומי בין הגופים השונים על ידי מינהלת השירות אינה מבוססת על בחינה שוטפת של צרכים. המינהלת לא גיבשה סדר עדיפויות כיצד יוקצו התקנים של המתנדבים לתחומי החינוך, הרווחה, הבריאות והביטחון וחלוקת התקנים בוצעה תוך הנצחת מצב היסטורי. ליקוי זה לא תוקן מאז הופיע לראשונה בדו"ח הביקורת מ-2010.
המבקר מעיר עוד כי ההעברה התכופה של רשות השירות הלאומי הקשתה עליה בתפקודה השוטף. "מבדיקת משרד מבקר המדינה עולה כי בשנים 2012-2014 שום משרד ממשרדי הממשלה שהופקדו על תחום השירות הלאומי-אזרחי לא כלל את התחום בתוכניות העבודה שלו", נכתב בדו"ח. "לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש הממשלה לייצב ולקבע את תחום השירות הלאומי במשרד הממשלתי המתאים, לאורך זמן".