הנציבות האירופית: שיווק אקספלורר במסגרת חלונות פוגע בתחרות
הנציבות האירופית הודיעה למיקרוסופט כי היא רואה בהפצת הדפדפן אינטרנט אקספלורר במסגרת מערכת ההפעלה חלונות הפרה של חוקי ההגבלים העסקיים
ב-2007 התלוננה מפתחת הדפדפן אופרה בפני הנציבות, וטענה שמיקרוסופט משתמשת בעליונותה בשוק
לפי נוסח ההודעה שמסרה הנציבות למיקרוסופט, שיווק אינטרנט אקספלורר בחבילה אחת עם חלונות מביא לכך שבכ-90% מהמחשבים האישיים מותקן מראש דפדפן מסוים, ופוגע בתחרות בשוק דפדפני הרשת. הנציבות מוטרדת מכך שמיקרוסופט מונעת תחרות אמיתית בין אינטרנט אקספלורר לדפדפנים אחרים מבחינת ההיצע למשתמשים הפרטיים. כמו כן ציינה הנציבות שנתח השוק הגדול של אקספלורר מעודד יצרני תוכן ומפתחי רשת לעצב אתרים ותוכנות לאינטרנט אקספלורר ולא לדפדפנים אחרים.
לפי הודעת הנציבות, אם ההאשמות נגד מיקרוסופט יתבררו כנכונות, חברת התוכנה עשויה להיקנס, והנציבות עשויה גם להורות לה "להפסיק את הפגיעה בתחרות". דובר מטעם הנציבות סירב למסור אם נדונה האפשרות שמיקרוסופט תשווק גירסה של מערכת ההפעלה חלונות ללא אינטרנט אקספלורר. ב-2005 נאלצה מיקרוסופט לשווק גירסה של חלונות ללא נגן המדיה ווינדוז מדיה פלייר, לאחר שהנציבות האירופית הורתה לה לעשות כן.
מיקרוסופט מסרה בתגובה כי החברה מחויבת לפעול לפי חוקי האיחוד האירופי, וכי היא בוחנת את ההודעה שמסרה הנציבות. מיקרוסופט צריכה להגיב להודעה של הנציבות בתוך חודשיים, ותוכל לבקש גם שימוע בנושא. החלטה סופית של הנציבות תימסר לאחר מכן.
בשנים האחרונוות יורד נתח השוק של דפדפן האקספלורר, בעיקר בשל התחרות העזה מצדו של דפדפן הקוד הפתוח פיירפוקס. בנובמבר 2008 ירד נתח השוק של האקספלורר מתחת ל-70%. לפי נתונים של חברת המחקר זיטי מוניטור, נתח השוק של אקספלורר באירופה קטן עוד יותר, ועומד על פחות מ-60%, לעומת יותר מ-30% לפיירפוקס.