הסכם ההעסקה המוזר של קטי שטרית ודחיקת היועץ המשפטי
ברקת מינה את שטרית, לשעבר ראש המטה של ישראל כץ וגדעון סער וכיום חברת כנסת, ליועצת פוליטית וראש המטה שלו. הוא העסיק אותה באופן פרטי, אך במקביל היא גם מונתה לסמנכ"לית פיתוח בחברה המשפחתית BRM
לקראת סיום הקדנציה השנייה שלו כראש עיריית ירושלים, ברקת התלבט אם לרוץ לכהונה נוספת או לקפוץ למים של הפוליטיקה הארצית. מקורב לשעבר מספר: "אם הקדנציה הראשונה שלו היתה עם גישה מאוד מקצועית־ניהולית, אז במהלך הקדנציה השנייה הפוקוס השתנה לכיוון עסקנות פוליטית, מתוך חשיבה קדימה".
לצורך כך ברקת מינה את קטי שטרית, לשעבר ראש המטה של ישראל כץ וגדעון סער וכיום חברת כנסת, ליועצת פוליטית וראש המטה שלו. הוא העסיק אותה באופן פרטי, אך במקביל היא גם מונתה לסמנכ"לית פיתוח בחברה המשפחתית BRM, תפקיד שעורר הרמות גבה בנוגע לבעייתיות שבהעסקתה באופן זה. בסביבת ברקת אמרו אז כי הדבר נעשה בהתייעצות עם גורמים משפטיים.
שטרית אומרת כעת לכלכליסט כי "היה לי חוזה מול BRM והיה לי חוזה מול ניר והכל היה עם אסמכתאות משפטיות. שלושה יועצים משפטיים ישבו על ההעסקה שלי". היא מספרת שלצד עבודתה ב־BRM, תפקידה כראש המטה של ברקת היה לארגן לו מפגשים וכנסים עם פעילי ליכוד: "בגלל שהוא לא צמח בליכוד הוא רצה להכיר את השטח, להתחבר. ניר חושב כיזם ולא כגזבר וזה מבורך לליכוד".
עימות אחר סביב מינהל תקין היה לברקת בקדנציה הראשונה, מול היועץ המשפט לעירייה דאז, עו"ד יוסי חביליו, כיום חבר מועצה וזוכה אות איכות השלטון. שיאו של העימות במאבק על מימוש צו בית משפט לפינוי בית יהונתן בשכונת סילוואן, בו גרו משפחות יהודיות בניגוד לחוק. חביליו התעקש לקיים את צו הפינוי בעוד ברקת פעל להותיר את המשפחות במקום, תוך כדי שהוא "מצפצף על דרישות החוק", כפי שנטען כלפיו. ידו של ברקת היתה על העליונה, הבית לא פונה והיועץ המשפטי נדחק מחוץ לעירייה.
חביליו הגיש נגד ברקת שלל עתירות הנוגעות לניסיונות למנוע פגיעה בשכבות חלשות. המפורסמת שבהן היא העתירה נגד סגירת מרכז הגמילה ליפתא, המקום עליו ביסס דויד גרוסמן את עלילת ספרו "מישהו לרוץ איתו" לאחר שזה צבר גירעון. העתירה נדחתה.